Los depósitos de arena son pequeñas recámaras que poseen la Daga del Tiempo y el Amuleto en las que se pueden almacenar las Arenas del Tiempo. Cada vez que el príncipe activa un poder de las arenas uno o más depósitos se vacían ya que la arena que poseían se consume.
A lo largo del juego la cantidad de depósitos de arena puede aumentar, pudiendo así almacenar más arena. En Las Arenas del Tiempo cada vez que recoges ocho nubes de arena consigues un depósito nuevo, mientras que en El Alma del Guerrero y en Las Dos Coronas los depósitos se obtienen al atravesar portales de arena y cerrar portales de arena respectivamente.
No es necesario tener un depósito vacío para que la daga o el amuleto absorban arena, pero toda la arena que no pueda almacenar se perderá.
El Las Arenas del Tiempo, el poder de ralentizar a un enemigo no gasta depósitos de arena, sino otro tipo especial de depósito que posee la daga en aquel juego.
El Espectro de Arena (El Alma del Guerrero) tiene la habilidad de ir generando arena, por lo que cada poco tiempo llenará un depósito de arena del Amuleto.